流式细胞术最常规但最强大的应用之一是免疫表型分析。
这涉及通过测量关键生物标志物/抗原的存在与否以及细胞的FSC及SSC特性来分析白细胞。
免疫表型分析的可靠性取决于几个因素，包括样品的质量以及染色和处理试剂、仪器性能以及分析的质量。
| Cell Type | Common Identifying Biomarker |
| B-lymphocytes | CD19, CD20, CD22, CD79a, immunoglobulin light chains (κ or λ) |
| T-lymphocytes | CD2, CD3, CD5, CD7, CD4 or 8 |
| Myeloid | MPO, CD13, CD33 |
| Natural Killer | CD16, CD56 |
| Immature Precursors | CD34, CD117, TdT |
| Platelets | CD41, CD42b, CD61 |
| Red Blood Cells | CD235a |
| Monocytic differentiation markers | C11b, CD14, CD33, HLA-DR |
表1. 用于免疫表型应用的基本标记。 流式细胞术现在是用于谱系评估、恶性肿瘤成熟表征、异质性和亚群定量的首选方法。
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